En dag på hösten 2004 reser den svenska arkeologen Louise Cantor,från sin utgrävning i Grekland till en konferens i Stockholm. Hon ska träffa sin son Henrik, men blir orolig när han inte kommer till mötet. När Louise lyckas ta sig in i hans lägenhet hittar hon Henrik död. Allt tyder på självmord, men Louise tror inte på det. Kennedys hjärna är en gastkramande berättelse om den stora kollektiva lögn som Europa och Västvärlden lever under i aidsepidemins epok.
